DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18841 CCCc1cncn1-c1ccc(C(=O)O)c2cc(O)ccc12 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18842 CC(NC(=O)c1ccc(Cl)cc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18843 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18844 CCCc1cn(Cc2cccc3ccccc23)c2ccccc12 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18845 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(N/C(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)=N\CCO)CC2)cc1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18846 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(N/C(=C/c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c3cccc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18847 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)cc1O AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18848 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18849 NS(=O)(=O)c1cc(F)ccc1C(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18850 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(Cc3ccc(C#N)c(Cl)c3)C(=O)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18851 CC(NC(=O)N1CCC(C(=O)c2cc3ccccc3o2)CC1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18852 CC(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC3CCCCCC3)cc2)cn1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18853 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18854 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(C(=O)NCCO)c2)cc1 AlphaDrug 4BF6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18855 CC(CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)c1cc(C(F)(F)F)ccc1Cl AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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