DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19531 CC(C1CC1)N1CCC(c2cccc(-c3nc(Nc4cccc(C(=O)O)c4)c4cccnc4n3)c2)CC1 AlphaDrug 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19532 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccnc4c3ncn4C3CCNCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19533 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccnc4c3nnn4C3CCCNCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19534 O=C(O)c1cccc(Nc2nc(-c3cccc(C4CCN(C(=O)c5ccccc5)CC4)c3)nc3ncccc23)c1 AlphaDrug 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19535 O=C(O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(F)cc3)nc3ncccc23)c1 AlphaDrug 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19536 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(-c3nn(CC(=O)O)c4cc(N5CCN(C(=O)O)CC5)ccc34)cc12 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19537 Cc1cc(NC(=O)C2CCCC2)ccc1-c1cnc2c(C(=O)Nc3ccc(Cl)c(F)c3)cccc2c1 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19538 Cc1c(-c2ccc3c(C(=O)Nc4ccc(C(=O)O)cc4)ccc(C)c3c2)nnc(N2CCCC2)c1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19539 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(-c3cnn(Cc4ccc(F)cc4)c3)cc12 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19540 CCc1cc(-c2cc(C(=O)NCc3ccc(F)c(F)c3)ccc2C)n2cc(C)n(C3CC3)c(=O)c12 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19541 Cc1ccc(OC2CC2)cc1NC(=O)c1cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19542 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(-c3ccc(F)c(F)c3)cc12 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19543 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2cc(OCC(F)(F)F)ccc12 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19544 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(O)cc12 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19545 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(-c3ccc(F)c(C(F)(F)F)c3)cc12 AlphaDrug 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19531 to 19545 of 73725 items. Total 4915 pages.