DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19591 CC1(C)CC(Nc2nc(Nc3cccc(C(=O)O)c3)ncc2-c2cccc3[nH]ncc23)CCN1C(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19592 CC1(C)CC(c2ccc(Cl)cc2)CCN1S(=O)(=O)c1ccc(/N=C2\C(=O)NC(=O)c3ccc(S(F)(F)(F)(F)F)cc32)cc1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19593 CC1(C)CC(C2CCCCC2)CCN1S(=O)(=O)c1ccc(/N=C2\C(=O)NC(=O)c3ccc(C4CC4)cc32)cc1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19594 Cc1ccc(-c2cc(N)nc(NCc3c(Cl)cc(Cl)cc3NC3CCC(C)CC3)n2)cc1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19595 Nc1ccc(-c2ccc(-c3cnc(N4CCOCC4)nc3-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19596 Nc1ccc(-c2ccc(-n3cc(Sc4ccc(C(F)(F)F)cc4)nc3-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19597 Nc1ccc(-c2ccc(-n3cc(Sc4ccc(-c5nnn[nH]5)cc4)c4ccccc43)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19598 CC(C)(Cc1ccc(-c2ccc(N)cc2)cc1)c1ccc2cc(-c3ccccc3)ccc2n1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19599 Nc1ccc(-c2ccc(-n3cc(Sc4nccs4)nc3-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19600 Nc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC3CCCCC3)o2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19601 Nc1ccc(-c2ccc(-c3ncc(-c4cc(O)cc(-c5ccc(C(=O)O)cc5)c4)o3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19602 Nc1ccc(-c2ccc(-n3cnc4cc(OCC5CC5)ccc43)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19603 Nc1ccc(-c2ccc(NCc3ccc4ccccc4n3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19604 Nc1ccc(-c2ccc(-n3cc(Sc4ccc(-c5ncn[nH]5)cc4)nn3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19605 CN1CCC(Oc2ccc(C(=O)Nc3cccc(OC(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19591 to 19605 of 73725 items. Total 4915 pages.