Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
19651	Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)CC4CCCCC4)CC3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19652	Cc1ccc(-c2nnc(C(=O)NC3CCN(C(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CC(O)C3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19653	Cc1ccc(-c2nc(C(=O)NCc3ccc(C(=O)O)cc3)cs2)cc1	AlphaDrug	4UJ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19654	Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)CNC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)o2)cc1	AlphaDrug	4UJ1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19655	CC(C)=C(C)/C=C/c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C(=O)N3CCC(N4CCCCC4C(=O)NO)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19656	CC(C)C(=O)NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19657	CC(O)c1ccc(C(C)(C)C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19658	CC(CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CCCC3C(=O)NO)cc2)cc1)c1ccccc1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19659	O=C(NCc1ccc(N2CCCCC2)cc1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19660	CSC(NC(=O)C1OC(C)C2C=CC1(C)C(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc(-c3ccccc3)cc1)CC2(C)C)=C(C)C	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19661	CC(C)Cc1cc2cc(CNC(=O)c3ccc(C(=O)N4CCC4)cc3)ccc2n1C(=O)N1CCC(N(C)C)CC1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19662	CC(C)CC(N=C(N)N)c1ccc(-c2ccc(N3CCCCC3C(=O)Nc3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19663	CC(=O)N1CCCC(Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NCc4ccc(C(=O)O)cc4)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19664	CC(C)NC(=O)C(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	6R11	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19665	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC1)C(=O)NCCCc1ccccc1	AlphaDrug	5EF7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

19651 to 19665 of 73725 items. Total 4915 pages.