DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19606 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(=O)c3ccc4ccc(Cl)cc4n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19607 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(=O)NCC(=O)NC(CCCN)C(=O)NC(=O)OCc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19608 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(=O)c3ccc4cc(Cl)ccc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19609 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(=O)NC3C=CN(Cc4ccccc4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19610 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(=O)c3ccc4ccc(Cl)cc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19611 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NCC3CCN(C(=O)c4ccc5ccccc5n4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19612 CN1CCN(c2cc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)cc(-c3ccccc3C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19613 Cc1cnc(N2C=CC(C(NC(=O)c3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)c3ccc(F)cc3)CC2)nc1 AlphaDrug 4OWM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19614 CN1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3OC(CO)C(=O)NCCCn3ccnc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4OWM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19615 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3ccccc3-n3nc(C(=O)O)nc3C)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19616 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3ccc(C)nc3NCc3cccc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19617 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3ccc([N+](=O)[O-])cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19618 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3ccc(C)nc3NCc3cccc4ccc(C(=O)O)cc34)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19619 Cc1ccc(S(=O)(=O)N(C(=O)Nc2nc(-c3ccccc3)nc3[nH]ccc23)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19620 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3nc(N4CCCCC4)nc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19606 to 19620 of 73725 items. Total 4915 pages.