DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19561 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccc(CN(C)C)cc2)cc1 AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19562 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19563 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NCc1cccc2ncccc12 AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19564 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)Cc1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19565 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1cccc(-c2cnn(-c3cccc(C#N)c3)c2)c1)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19566 O=C(O)C(Cc1ccccc1)Nc1cccc(O)c1C1CCCCC1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19567 O=C(O)C(Cc1ccccc1)Nc1cccc(N2CCN(C(=O)c3cccs3)CC2)c1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19568 O=C(O)C(Cc1ccccc1)Nc1cc2ccccc2o1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19569 O=C(O)C(Cc1cccc2cnccc12)Nc1cc2ccccc2s1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19570 O=C(NCCCCn1c(-c2ccc(NC(Cc3ccccc3)C(=O)O)cc2)nc2ccccc21)c1ccccc1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19571 O=C(O)C(Cc1ccccc1)Nc1cccc(N2CCN(Cc3cc(N4CCOCC4)ncn3)CC2)c1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19572 O=C(O)C(Cc1ccccc1)Nc1cccc(N2CCN(C(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)c1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19573 N#Cc1c(C(=O)N2CCN(c3cccc(NC(Cc4ccccc4)C(=O)O)c3)CC2)nnn1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19574 O=C(c1ccc(O)cc1)c1cc(O)ccc1OC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19575 O=C(O)C(Cc1ccccc1)Nc1cccc(N2CCN(C3CCCCC3)CC2)c1 AlphaDrug 5OHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19561 to 19575 of 73725 items. Total 4915 pages.