DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19621 CC(C)C(NC(=O)Nc1cc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)ccn1)C(=O)NCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19622 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3nc(-c4cccc(C)c4)n[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19623 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=Cc3nc(Cc4ccccc4)nc(NC4CC=CCCC4)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19624 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(CCc3nnc(C(=O)O)o3)CC2)cc1 AlphaDrug 6U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19625 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)c2cc(C(=O)O)nc3ccc(-c4ccccc4)cc23)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19626 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc4ccccc4c3)ccc2O)cc1C(=O)NNC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19627 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19628 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)c2ccc3c(c2)C(=O)CCO3)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19629 Cc1ccccc1-c1cc(C(=O)Nc2ccc(C(C)(C)C)cc2)c2ccccc2n1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19630 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)c2ccc3nc4[nH]ccc4c(=O)n3c2)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19631 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc4ccccc4c3)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19632 Cc1ccc(-c2nc(C3CCN(C(=O)NNC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4Cl)CC3)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)s2)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19633 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc4cc[nH]c4c3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19634 CC(C)(O)c1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc4ccccc4c3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 6HAZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19635 Cc1ccccc1Cc1ccc(-c2cn(CC(=O)Nc3cc(C)c4ccccc4n3)nn2)cc1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19621 to 19635 of 73725 items. Total 4915 pages.