DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19636 CC(Oc1ccc(-c2nc3c(-c4ccc(F)cc4)cccc3[nH]2)cc1)C(=O)NC1CCC(C(=O)O)CC1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19637 Cc1cc(NC(=O)Cn2cc(-c3ccc(F)cc3)cn2)nc2c1nnn2CC(C)C AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19638 Cc1cc(NC(=O)Cn2ccc3c(-c4ccc(Cl)cc4)cccc32)cc(C)c1C(=O)N1CCC(C(=O)O)CC1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19639 Cc1cc(NC(=O)Cn2cc(-c3cc(N)no3)nn2)cc(C)c1C(=O)N1CCC(C(=O)O)CC1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19640 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(CC(=O)NO)cc2)nc2c(C#N)ccnc12 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19641 Cc1ccccc1Cc1ccc(-c2cn(CC(=O)Nc3cc(C)c(C(=O)N4CCC5(CCCCC5)CC4)c(C)c3)nn2)cc1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19642 Cc1ccccc1Cc1ccc(-c2cn(CC(=O)Nc3cc(C)c(C(=O)N4CCSCC4)c(C)c3)nn2)cc1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19643 Cc1cc(NC(=O)Cn2cc(-c3ccc(Cc4ccccc4C)cc3)nn2)cc(C(=O)NO)c1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19644 Cc1ccccc1Cc1ccc(-c2cn(CC(=O)Nc3cc(C)c4c(C)nn(CC5CCCCC5)c4n3)nn2)cc1 AlphaDrug 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19645 COC(=O)c1ccc(-c2ccc(OCC(O)CNC(=O)C3CCCN(C(=O)NC(C)(C)C)C3=O)cc2)cc1 AlphaDrug 4UJ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19646 Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)CC4CCCCCC4)CC3)o2)cc1 AlphaDrug 4UJ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19647 Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)c4ccc5ccncc5c4)CC3)o2)cc1 AlphaDrug 4UJ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19648 Cc1ccc(-c2nnc(C#Cc3cccc(C(=O)O)c3)n2CCO)cc1 AlphaDrug 4UJ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19649 Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)CCc4cccc(C(=O)O)c4)CC3)o2)cc1 AlphaDrug 4UJ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19650 Cc1ccc(-c2nnc(C3CCN(C(=O)C(CCCCNS(C)(=O)=O)c4ccccc4)CC3)o2)cc1 AlphaDrug 4UJ1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19636 to 19650 of 73725 items. Total 4915 pages.