DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19576 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(C(=O)O)c(Cl)c2)C1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19577 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc3ccccc23)C1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19578 CC(=O)N1C=CCC(C(=O)N2Cc3ncc(C(=O)O)c(Cl)c3C2)C1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19579 CC(=O)N1CCC(CC2=C(c3ccccc3)C(=O)N(O)C2=O)CC1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19580 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc3ccccc23)C1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19581 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(C(=O)O)[nH]3)cc3ccccc23)C1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19582 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc3c(-c4cccc(OC(F)F)c4)oc(Cl)c3cc2F)C1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19583 CC(=O)N1CCC(N/C(CCCCC(=O)NCc2ccccc2)=N\C(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19584 CCn1ccc2c(C(=O)NC3CCCN(C(C)=O)C3)cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc21 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19585 CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(-n3sc4ccccc43)ccc2O)C1 AlphaDrug 4Q1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19586 CC1(C)CC(C(F)(F)F)CCN1S(=O)(=O)c1ccc(/N=C2\C(=O)NC(=O)c3ccc(S(F)(F)(F)(F)F)cc32)cc1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19587 CC1(C)CC(c2cccc(Cl)c2)CCN1S(=O)(=O)c1ccc(/N=C2/C(=O)NC(=O)c3ccc(S(C)(=O)=O)cc32)cc1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19588 CC1(C)CC2C=CN1S(=O)(=O)c1ccc(cc1)/N=C(/C(=O)NNC(=O)c1cnc(-c3ccccc3)[nH]1)C2 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19589 CC1(C)CC(N2CCN(c3ccc(C(=O)NO)cc3)C2)CCN1S(=O)(=O)c1cc(F)cc(Cl)c1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19590 CC1(C)CC(C(=O)O)CCN1S(=O)(=O)c1ccc(/N=C2\C(=O)NC(=O)NCc3ccc(O)cc32)cc1 AlphaDrug 5N84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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