DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19546 COc1cc(-c2cc(C)c(OCc3ccccc3C(=O)O)c3c2C(=O)OC3C)cc(Cl)c1OC AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19547 COc1cc(-c2cc(C)c(OC)c(OCC(=O)NS(C)(=O)=O)c2)ccc1Oc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19548 COc1ccc(C(=O)Nc2cnc(-c3ccc(OC(F)(F)F)cc3Cl)s2)cc1OC AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19549 COc1ccc(O)c(C(=O)c2ccc(O)c(O)c2)c1 AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19550 COc1ccc(C(=O)Nc2cnc(-c3ccc(OC(F)(F)F)cc3Cl)s2)cc1OC AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19551 CC1(C)CC(c2ccc(Cl)cc2)C(=O)N(c2cncc(Cl)c2)C1=O AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19552 COc1cc(Cl)cc(-c2ccc(C(=O)NC3CCCC3c3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19553 O=S(=O)(Nc1cccc(Cl)c1)c1ccc(OC2CCCCC2)c(OC2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19554 COc1c(C)cc(-c2ccc(C(=O)NC3CCCC3c3ccccc3)cc2)cc1O AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19555 Cn1nncc1NC(=O)c1cc(-c2ccc(OC(F)(F)F)cc2)cnc1N AlphaDrug 5NKD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19556 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NCc1cccc(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19557 Cc1[nH]c(-c2cccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)c(C(N)=O)c1C(=O)NC(CO)CC(C)C AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19558 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)NC(=O)c1cnn(-c2ccc(C#N)cc2)c1C1CC1 AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19559 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1[nH]nc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1O AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19560 CC(C)CC(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)c1cc2cc(C(=O)O)ccc2n1C AlphaDrug 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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