DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21616 CP(=O)(O)OC1=C/C=C(/c2ccc(Cl)cc2)CC(NC(=O)c2cc(F)cc(OCC(F)(F)F)c2)/C=C\1 AlphaDrug 5EGU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21617 CC(Cc1ccc(OP(C)(=O)O)cc1)(Cc1ccc(C(F)(F)P(=O)(O)O)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 5EGU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21618 CC(Cc1ccccc1)(Cc1cccc(OP(C)(=O)O)c1)C(=O)C1CC1 AlphaDrug 5EGU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21619 CC1(CC2=C/C=C(/c3ccccc3)OC(c3ccc(F)cc3)/C=C\2)/C=C(OP(C)(=O)O)\C=C/C=C(/c2cccc3ccccc23)C1 AlphaDrug 5EGU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21620 CP(=O)(O)Oc1ccccc1-c1ccc(CC(=O)N2CCc3ccccc3C2)cc1 AlphaDrug 5EGU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21621 CC(C)(CCCCNC(=O)c1ccccc1)Cc1cccc2ccc(CP(C)(=O)O)cc12 AlphaDrug 5EGU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21622 CC1(CC2=C/C=C(/c3ccccc3)OC(c3ccc(F)cc3)/C=C\2)/C=C(OP(C)(=O)O)\C=C/C=C(/C2CCCCC2)C1 AlphaDrug 5EGU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21623 CC1(C)CC(=O)N(Cc2ccc(-c3nnc(N)s3)cc2)c2ccc(C#N)cc21 AlphaDrug 6NU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21624 CC1(C)CC(=O)N(Cc2ccc(-c3nnc(N)s3)cc2)c2ccc(-c3ccccc3)cc21 AlphaDrug 6NU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21625 CC1(C)CC(=O)N(Cc2ccc(-c3ccccc3F)cc2)c2nc(N)sc21 AlphaDrug 6NU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21626 CC1(C)CC(=O)Nc2ccc(-n3cnc4c(-c5ccccc5)cncc43)cc21 AlphaDrug 6NU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21627 CC1(C)CC(=O)N(Cc2ccc(-c3nnc(N)s3)cc2)c2nc(O)ccc21 AlphaDrug 6NU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21628 CC1(C)CC(=O)N(Cc2ccc(-c3nnc(N)s3)cc2)C1(F)F AlphaDrug 6NU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21629 CC1(C)CC(=O)N(Cc2ccc(-c3nnc(N)s3)cc2)c2ccc(-c3ccnc4ccccc34)cc21 AlphaDrug 6NU1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21630 CC1(C)CC(=O)N(c2ccc(CN3CCOCC3)cc2)Cc2ccccc21 AlphaDrug 6NU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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