Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21646	Cc1cc(-c2nc3cc(CC4CCCCC4)c(NC(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)nc3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21647	Cc1cc(-c2nc3cc(C4CC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3o2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21648	Cc1cc(-c2nc3cc(C4CCCCC4)cc(NS(=O)(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21649	Cc1cc(-c2nc3cc(C4CCCCC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21650	Cc1cc(-c2nc3cc(N4CCCC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4Cl)c3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21651	Cc1cc(-c2nc3cc(S(=O)(=O)C4CC4)ccc3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21652	Cc1cc(-c2nc3cc(N4CCCN(C5CC5)CC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4Cl)c3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21653	Cc1cc(-c2nc3cc(C4CC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3o2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21654	Cc1cc(-c2nc(-c3ccc(F)cc3)cn2C2CCCCC2)ccc1OCC(=O)O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21655	Cc1cc(-c2nc3cc(C(=O)NCCO)c(C4CC4)cc3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21656	Cc1cc(F)cc(NS(=O)(=O)c2ccc(NC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)c1	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21657	Cc1cc(-c2nc3cc(N4CCCC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21658	Cc1cc(-c2nc3cc(S(=O)(=O)CCC4CCCC4)cc(C)c3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21659	Cc1cc(-c2nc3cc(C4(C(=O)O)CC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4Cl)c3[nH]2)ccc1O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21660	Cc1cc(-c2cccc(NC(=O)C3CCCC3)c2)ccc1C(N)=O	AlphaDrug	4RLU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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