DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21691 Cc1cc(-c2nc3cc(C4CCNCC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21692 Cc1cc(-c2nc3cc(C4CCCCC4)cc(NC(=O)Nc4ccc(Cl)c(Cl)c4)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21693 Cc1cc(-c2nc3cc(C4CCCCC4)cc(N[SH](C)(C)=O)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21694 CN(C)CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(CC2CCNCC2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21695 Oc1ccc(-c2cc(NC(c3ccc(Cl)cc3)C3CCCC3)cc(N3CCOCC3)n2)cc1 AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21696 Cc1cc(-c2ccc(CCCC3(NC(=O)CC4CC4)CCCC3)cc2)ccc1C(N)=O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21697 Cc1cc(-c2nc3cc(N4CCN(C5CC5)CC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4Cl)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21698 Cc1cc(-c2nc3cc(C4C=CCCC4)cc(NCc4ccc(NC(=O)CO)cc4)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21699 Cc1cc(-c2nc3cc(C(N)=O)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21700 Cc1cc(-c2nc3cc(N4CCCN(C(C)(C)C)CC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21701 Cc1cc(-c2nc3cc(N4CCN(CCO)CC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(F)cc4)c3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21702 Cc1cc(-c2cc(F)cc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21703 Cc1cc(-c2nc3cc(NC(C)C)c(C4CC4)cc3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21704 Cc1cc(-c2nc3cc(N4CCCC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3o2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21705 Cc1cc(-c2nc3cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)ccc3[nH]2)ccc1O AlphaDrug 4RLU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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