DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2221 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7c(c6)CNC7)cc45)n3)cn2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2222 CN1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3cc(-c4ccc5[nH]ncc5c4)ncn3)cn2)CC1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2223 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7ccccn67)cc45)n3)nc2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2224 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7[nH]ccc7c6)cc45)n3)nc2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2225 CC1CN(C2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)CCN1C(=O)c1cc(Nc2nccc(-c3ccc(F)cc3)n2)ncn1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2226 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7ccccn67)cc45)n3)cn2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2227 CC(C)N1CCN(C(=O)c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]cnc45)n3)cc2)C(C)C1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2228 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5c4ncn5-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)n3)cc2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2229 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(N6CCCCC6)cc45)n3)nc2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2230 Nc1nccc(-c2ccc3c(c2)-c2cnc(N4CCCC4)cc2C3)n1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2231 CC1CN(C(C)(C)C)CCN1C(=O)c1cc(Nc2cccc(-c3ccnc(N)n3)n2)ncn1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2232 CC1CN(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccc(-c4cc(F)cc(F)c4)cc3)CC2)CCO1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2233 CC1COCCN1C(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3ccnc4[nH]cnc34)n2)cc1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2234 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7[nH]ncc7c6)cc45)n3)nc2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2235 CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnccn6)cc45)n3)nc2)CCN1 AlphaDrug 1FXV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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