DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2281 CC1(C)CCC(=O)NCc2ccc(S(=O)(=O)NC(CC3CCCCC3)C(=O)NCCCc3ccccc3)cc21 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2282 CC1(C)CCC(=O)NCc2ccc(S(=O)(=O)N3CCCC(Nc4nc5ccc(C(=O)O)cc5[nH]4)CC3)cc21 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2283 CC(C)c1ccc(-c2nc3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3n2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2284 CN1C=CN(C2CCN(c3ccc(NC(=O)Nc4ccc(N5CCCCC5)cc4)c(C(=O)NC4CCC(C)(C)CC4)c3)CC2)CC1 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2285 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2286 CC1(C)CCC(=O)NCc2ccc(-c3nnc(N)s3)cc21 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2287 CC1(C)CCC(=O)NCc2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(NC(=O)c4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc4)CC3)cc21 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2288 CC(=O)c1ccc(N2CCN(CC(O)CNC3CCN(S(=O)(=O)c4ccc5c(c4)C(C)(C)CCC(=O)NC5)CC3)CC2)c(C)c1 AlphaDrug 5N3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2289 COc1ccc(C2=CCN(C(=O)CCC3CCN(C(=O)C(=O)NC4CCCCC4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2290 COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3ccc(-c4cc5cn[nH]c5cc4F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2291 COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(c3nc(-c4ccc(F)cc4)nc4ncccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2292 COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)CN3CCCC(c4ccccn4)C3)CC2)cc1 AlphaDrug 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2293 COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(c3ccccc3C(=O)NC(CO)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2294 COc1ccc(C(=O)N2CCC(NCc3ccc(C(=O)O)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2295 COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3ccc(-c4cc5c(C)nn(CC(=O)O)c5n(C)c4=O)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4CD4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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