Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
2296	COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3ccc(-c4cc5c(C)nn(CC(=O)O)c5cc4F)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4CD4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2297	COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3cccc4c3ccn4CCO)CC2)cc1	AlphaDrug	4CD4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2298	COc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3ccc(-c4nnnn4Cc4ccccc4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4CD4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2299	Cc1ccc(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(Cl)n2)cc1NC(=O)NC(CNC(=O)NC(C)(C)C)C(=O)O	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2300	Cc1ccc(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(F)c2)cc1NC(=O)NC(CNC(=O)NC(C)(C)C)c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2301	Cc1ccc(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(F)c2)cc1NC(=O)NC(CNC(=O)NC(C)(C)C)c1ccc(C(=O)NO)cc1	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2302	CC(C)(C)NC(=O)NCC(NC(=O)Nc1cc(C(=O)O)cc(N2CCOCC2)n1)C(=O)O	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2303	Cc1cc(-c2ccc(NC(=O)C(NC(=O)NC(C)(C)C)C(=O)O)cc2)cnc1C	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2304	O=C(NC1(CCc2ccc(-c3cc(N4CCCCC4CO)cc(C(F)(F)F)c3)cc2)CCCC1)C1CCCCC1	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2305	CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(CN3C(=O)CN(c4ccc(C(F)(F)F)s4)C3=O)c(F)c2)cc1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2306	CC(C)(C)NC(=O)NCC(NC(=O)Nc1ncc(-c2cccc(C(=O)O)c2)s1)C(=O)O	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2307	Cc1ccc(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(F)c2)cc1NC(=O)NC(CNC(=O)NC(C)(C)C)c1cccc(C#N)c1	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2308	Cc1cccc(-c2cc(F)cc(NC(=O)NC(CNC(=O)NC(C)(C)C)C(=O)O)c2)c1	AlphaDrug	6F3B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2309	CC(NC(=O)c1ccc(NC(=O)N2CCCCC2)cc1)c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	5M77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2310	CC(NC(=O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)n3)cc2)cc1)c1ccccc1	AlphaDrug	5M77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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