Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
2236	CC1CN(C(=O)c2ccc(Nc3ncc(-c4ccnc(Nc5ccc(C(F)(F)F)cc5)n4)s3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2237	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7ccccc7c6)cc45)n3)cn2)CCO1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2238	Cc1ccc(-c2cc3c(-c4ccnc(Nc5ccc(N6CC=NC(C)C6)cn5)n4)ccnc3[nH]2)cn1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2239	Cc1cc(Nc2ncc(-c3ccccc3)cn2)ncc1-c1ccc(-c2ccccc2)nc1	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2240	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccc(O)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2241	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccc(O)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2242	Nc1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)ccc1C(=O)Nc1ccc(F)cc1	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2243	C/C(=N/O)NC(=O)c1ccc(Oc2ccc(-c3ccc(CN4CCN(S(C)(=O)=O)CC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2244	C/C(=N/O)N(Cc1ccccc1)C(=O)c1ccc(Oc2ccccc2)cc1	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2245	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2246	COc1ccc(S(=O)(=O)NC(C(=O)NC2CCCC2C(=O)NO)C2CCCC2)cc1	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2247	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2248	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccc(O)cc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)NC4=O	AlphaDrug	4R3W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2249	Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(OCCc3cccc(C(F)(F)F)c3)c12	AlphaDrug	5EW0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2250	Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(O)c12	AlphaDrug	5EW0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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