DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2251 Cc1ccc(Oc2c(Cl)cc(Cl)cc2-c2ccccc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2252 CC1=C2C[SH](C)C3=C2C(=C(c2ccc(C(=O)O)cc2)C=C1)OC(=O)N3c1ccccc1 AlphaDrug 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2253 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)c2cccc(OCC(=O)O)c12 AlphaDrug 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2254 Cc1ccc(OCC(=O)O)cc1-c1ccc(-c2ccc(C)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2255 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(O)c12 AlphaDrug 5EW0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2256 Cc1ccc(Oc2ccc(CC(=O)O)c3c(OCC(=O)O)cccc23)cc1 AlphaDrug 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2257 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(C(=O)O)cc12 AlphaDrug 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2258 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(O)c(O)c12 AlphaDrug 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2259 Cc1ccc2cc(C(=O)NC(CCC(=O)O)Cc3cnc(C(=O)O)nc3-c3ccccc3C)oc2c1 AlphaDrug 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2260 Cc1ccc2cc(C(=O)NC(Cc3cnc(C(=O)O)nc3-c3ccccc3C)c3ccccc3)oc2c1 AlphaDrug 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2261 Cc1ccc2cc(C(=O)NC(=O)c3cc(-c4cc(F)ccc4F)ccc3C)oc2c1 AlphaDrug 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2262 Cc1ccc2cc(C(=O)NC(CCCC(=O)N(C)CCC(=O)O)Cc3cnc(-c4ccccc4)nc3N)oc2c1 AlphaDrug 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2263 Cc1c(Cl)cccc1-n1c(-c2ccccc2)nc2c(-c3ccccc3)cccc21 AlphaDrug 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2264 Cc1ccc2cc(C(=O)NC(Cc3cccc(Cl)c3)C(=O)NC(CCc3c[nH]c4ccccc34)c3ccccc3)oc2c1 AlphaDrug 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2265 Cc1ccc2cc(C(CCCC(=O)O)C(=O)Nc3cc(-c4cccc5ccccc45)ccc3O)ccc2c1 AlphaDrug 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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