DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2341 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CCC(C/N=C/c4cccc(C(F)(F)F)c4)C3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2342 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccc5cccc(Cl)c5n4)C3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2343 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(=O)NC(CNC(=O)c4ccc(C)cc4)C3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2344 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccccc4)CCC3O)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2345 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccc5ccccc5c4)C3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2346 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)C(C)C)O3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2347 COc1ccc2nc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)OCC(=O)O)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2348 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4cccc(C(C)(C)C)c4)O3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2349 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC(=O)Nc3ccccn3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2350 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2351 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4nnnn4CCC4CCCC4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2352 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4ccncc4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2353 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4n[nH]c(C)n4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2354 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(O)cc3)ccn2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2355 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCCC3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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