DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2401 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4nonc4C(F)(F)F)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2402 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)ncc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2403 COc1ccc(S(=O)(=O)N2Cc3ccccc3N(CC3CCCC3)C2=O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2404 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4nnnn4C)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2405 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc3c2C(CN2CCN(C(=O)CC(C)(C)C)CC2)C3)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2406 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)ncc2OCC2CC2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2407 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(O)cc(C(=O)NC3CCCCC3)c2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2408 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4cccc(F)c4)cc3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2409 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(F)cc(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2410 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC3CCN(C(C)C)CC3)ccc2O)cn1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2411 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(N4CCC4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2412 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(F)c(Cl)c3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2413 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(C(N)=O)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2414 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2415 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)ncc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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