DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2461 CC(Cc1cccc2cc(N3CCC(C(=O)O)CC3)ccc12)C(=O)O AlphaDrug 4X5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2462 NS(=O)(=O)Nc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCCCC3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2463 NC(N)=Nc1nc(Nc2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2S(N)(=O)=O)c2cccnc2n1 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2464 N#Cc1ccccc1NC(=O)C1CCCCN1c1ccc(NC(=O)c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)cc1 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2465 NS(=O)(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1Nc1nc(C(F)(F)F)nc2c1cnn2C(F)(F)F AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2466 NS(=O)(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1Nc1nc2ccccc2n1CCCC(=O)O AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2467 NS(=O)(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1Nc1nc2ccccc2n1-c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2468 NC(N)=Nc1nc(Nc2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2S(N)(=O)=O)c2cccnc2n1 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2469 NS(=O)(=O)c1ccc(CC(=O)N2CCCC2)c(C(=O)Nc2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2470 NS(=O)(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1Nc1nc(N2CCCC2)nc2ccccc12 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2471 NC(N)=Nc1nc(Nc2cc(-c3cccc4ncccc34)ccc2S(N)(=O)=O)c2cccnc2n1 AlphaDrug 4O09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2472 Cc1c(C(=O)NCCCCC(=O)O)[nH]c2ccc(-c3ccc(-n4ccc(-c5ccccc5)cc4=O)cc3)cc12 AlphaDrug 5OP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2473 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(N(C)CC(C)C)cc2)c(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n1 AlphaDrug 5OP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2474 Cc1ccc(N2CCN(c3nc(-c4ccc(C(=O)N5CCC(N6CCOCC6)CC5)cc4)no3)CC2)cc1 AlphaDrug 5OP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2475 Cc1c(-c2cccc(Cl)c2)noc1-c1ccc(-c2cccc(CNC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5OP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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