Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
2446	Cc1ccc(C(=O)NC2c3ccccc3COC(=O)NC(Cc3ccccc3)C(O)C(O)C2O)cc1	AlphaDrug	6MU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2447	Cc1cc(NC(=O)NC2CCCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCN(C(=O)C(C)(C)C)C4)cc3)C2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	6MU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2448	Cc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3ccc(-c4c[nH]c5ccccc45)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2449	Cc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3ccc(NC(=O)c4ccc5cc(Cl)ccc5c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2450	Cc1ccc(C(=O)NCC2CCN(C(=O)c3ccc(NC(=O)c4ccc5ccccc5n4)cn3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2451	Cc1ccc(C(=O)NCC2C=CN(C(=O)c3ccc(NC(=O)c4cc(NC(=O)OC(C)(C)C)ccn4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2452	Cc1ccc(C)c2cc(CC(C)Cc3cccc4ccccc34)ccc12	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2453	O=C(Nc1ccc(-n2cnc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)n2)cc1)c1cccc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)O)cc3)cc12	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2454	CCc1cc(NC(=O)CC2CCCC2)ccc1-c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2455	CC(Cc1cccc(-c2cnc(CO)c3ccccc23)c1)Cc1cccc2ccccc12	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2456	CC(Cc1cccc2c(C(=O)O)cccc12)c1ccc(Cl)c(Cl)c1	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2457	CC(Cc1ccc2c(CCC(=O)O)cccc2c1)Cc1cccc2ccccc12	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2458	CC(Cc1ccc2c(O)cccc2c1)Cc1cccc2ccccc12	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2459	Cc1cccc2c(C)c(C(=O)O)c(CC(C)Cc3cccc4ccccc34)cc12	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2460	CC(Cc1cccc2c(C(=O)O)ccnc12)c1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	4X5Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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