DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2416 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2417 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2418 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC3CCN(C(C)C)C3)ncc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2419 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3cccc(O)c3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2420 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC(=O)N3CCNCC3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2421 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(N4CCNCC4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2422 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccccc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2423 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc2OCCCC(O)CN2CCN(C3CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2424 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(OCC3CCN(CC(=O)Nc4ncncc4C)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2425 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2426 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3cccc(F)c3)ncc2OCC2CC2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2427 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3cccc(O)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2428 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2C=CC(Oc3cccc(NC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)CCC2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2429 Cc1cccc(S(=O)(=O)Nc2cc(F)cc(NC(Cc3ccccc3)C3CCCCC3)c2)c1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2430 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cc(CO)c(-c3ccccc3)cc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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