DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2371 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2372 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3cccc(Cl)c3)ccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2373 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(OCC(=O)Nc4ccccn4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2374 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(OCCC3CCN(CC(=O)NCC(C)(C)C)c4ccccc43)cc2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2375 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)ccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2376 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4ncnn4C)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2377 COc1cccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3ccc(C(N)=O)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2378 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)ccn2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2379 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4cccnc4)cc3)ccn2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2380 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(CC3CCCN3C(=O)CN(C(C)C)C3CCCC3)C2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2381 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4cccnc4)cc3)ncc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2382 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC3CCC(NC(=O)CN4CCCCC4)CC3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2383 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC(=O)NCC3CCCCC3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2384 COc1ccc(-c2ccc(Cc3ccc(O)c(NS(=O)(=O)c4ccc(OC)cc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2385 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3cccc(C(F)(F)F)c3)ccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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