DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2326 CN1CCN(c2ccc(/C=C3\SC(=O)Nc4ccc(-c5ccc(-c6nnn[nH]6)cc5)cc43)cc2)CC1 AlphaDrug 5N93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2327 CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc3c(c2)/C(=C/c2ccc(N4CCN(C)CC4)cc2)SC(=O)N3)cc1)C(=O)O AlphaDrug 5N93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2328 CN1CCN(c2ccc(/C=C3\SC(=O)Nc4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc43)cc2)CC1 AlphaDrug 5N93 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2329 COc1cccc(-c2ccc3cc(C(=O)NC4CCN(C(=O)Nc5ccc6ncccc6c5)CC4)ccc3n2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2330 COc1cccc(-c2ccc3cc(Oc4ccnc(Nc5ccc(C6CC6)cc5)n4)c(F)cc3c2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2331 COc1cccc(-c2cc3cc(C(=O)Nc4ccc5ncccc5c4)c(F)cc3s2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2332 COc1cccc(-c2ccc3cc(Oc4ccnc(Nc5ccccc5)c4)c(F)cc3c2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2333 COc1cccc(-c2ccc3cc(Oc4ccnc(Nc5ccc(C6CC6)cc5)c4)ccc3n2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2334 COc1cccc(-c2ccc3cc(Oc4ccnc(Nc5ccc(C6CCN(C)C6)cn5)c4)ccc3c2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2335 FC(F)(F)c1cccc(-n2ncnc2-c2ccc3c(c2)CN(CCc2ccc4ccccc4c2)C3)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2336 COc1cccc(-c2ccc3cc(Oc4ccnc(NC(=O)c5ccc(N6CCC(C)(C)C6)nc5)c4)ccc3c2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2337 COc1cccc(-c2ccc3cc(Oc4ccnc(NC(=O)C5(C(F)(F)F)CC5)c4)ccc3c2)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2338 C=CC(=O)Nc1cccc(-c2cnc(NC(C)CO)c3cc(-c4cccc(OC)c4)ccc23)c1 AlphaDrug 4NVP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2339 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(=O)NC(CNC(=O)c4ccc(Cl)cc4Cl)C3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2340 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4cccc(-c5ccccc5)c4)C3)[nH]c2c1 AlphaDrug 6O5U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

2326 to 2340 of 73725 items. Total 4915 pages.