DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2356 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3)cc(OC)c2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2357 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC(=O)N3CCN(C(=O)CCC4CC4)CC3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2358 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CC3=C(c4ccc(OC)cc43)C2C(=O)NC2CCCC2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2359 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3cccc(F)c3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2360 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(CC3(NC(=O)CN4CCCCC4)CCCC3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2361 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4cccc(OC)c4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2362 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCc3cccc(C(F)(F)F)c3)on2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2363 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4ccc(O)c(O)c4)cc3)ccn2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2364 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(C4(NC(C)(C)C)CCCC4)cc3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2365 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3cccc(O)c3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2366 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(O)cc3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2367 COc1ccc(Cc2ccc(O)c(NS(=O)(=O)c3ccc(OC)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2368 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(OCC3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2369 COc1cccc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(N)=O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2370 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(Cc3ccc(-c4n[nH]c(C5CCCC5)n4)cc3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5LIU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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