DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3616 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(Cl)c5)CC4)cc3)o2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4W9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3617 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(-c4ccccn4)cc3F)o2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4W9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3618 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)c(F)c3)o2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4W9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3619 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4CC(O)C4O)cc3)cc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4W9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3620 CN(C)C1CCN(c2cc(O)cc(O)c2O)CC1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5F25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3621 Cc1cc(C(F)(F)F)cc(F)c1-c1ccnc(NC2CCC(C(=O)/N=C/CN(C)C)CC2)n1 AlphaDrug 5F25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3622 CN(C)C1CCCN(c2ccc(-c3c(C(N)=O)cc(-c4ccccc4)cc3C(=O)O)cn2)C1 AlphaDrug 5F25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3623 COc1c(NC(=O)c2ccc(Oc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc(C(=O)O)cc1N1CCC(N(C)C)C(CO)C1 AlphaDrug 5F25 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3624 CC(C)c1ccc(NC(=O)c2ccc(O)cc2)c(N2CCC(N(C)C)C2)c1 AlphaDrug 5F25 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3625 CNC1CC(N(CC(=O)N(C)C)c2ccc(Oc3ccccc3)cc2)CC(C)C1=O AlphaDrug 5F25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3626 Cc1cn(C)c2nc(-c3cccc(C(=O)O)c3)nc(NC3CCCC(N(C)C)CC3)c12 AlphaDrug 5F25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3627 CN(C)C1CCCN(c2ccc(Nc3nc(-c4ccc(OC(F)F)c(F)c4)nc4nc[nH]c(=O)c34)cc2)CC1 AlphaDrug 5F25 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3628 CC(=O)N1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C)c(Nc4ccc(CCN5CCCCC5)c(SCCN(C)C)c4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5F25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3629 CC(=O)Nc1cc(F)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(N3CCC(C)CC(N(C)C)CC3)c2)c1 AlphaDrug 5F25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3630 CCC(=O)Nc1ccc(C)c2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4C(=O)O)cc3)cc12 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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