DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3631 CC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(NC(=O)c3cccc(-c4ccccc4C)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3632 Cc1ccc(NC(=O)C2CCN(c3ccc(-c4nc5ccccc5[nH]4)cc3)C2)cc1C AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3633 Cc1c(-c2ccc(OC(=O)c3ccccc3O)cc2)nn2c(C)cc(O)c(O)c12 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3634 Cc1cc(C(C)(C)c2cccc(Cl)c2)c(C)c(C)c2c(Sc3cccc(-c4ccccc4)c3)c(=O)oc1-2 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3635 Cc1ccc2c(OCc3cccc(-c4cccc(NCCC(=O)O)c4)c3)c(O)ccc2c1 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3636 O=C(NC1CC(CO)CC1c1cccc(C(F)(F)F)c1)c1cc(-c2ccccc2OCc2ccccc2)ncc1O AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3637 CC(N)CCc1cc(=O)oc2cc(-c3ccc(OCc4cccc(F)c4)cc3)ccc12 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3638 O=C(O)C1CCc2cc(-c3ccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)cc3)ccc2O1 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3639 CC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(NC(=O)c3cccc(-c4ccccc4C)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3640 CC1CC(=O)CN1c1ccc(/C=C/c2n[nH]c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3641 CC1CCCCN1c1cc(C(=O)O)c(C(=O)N2CCCCC2C(=O)NC(=O)NC(c2ccccc2)c2ccccc2)cc1O AlphaDrug 5J8M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3642 CC1CCCCN1C(=O)c1cnccc1CCc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3643 CC1CCCN(Cc2cn(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)c3ccccc23)C1=O AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3644 CC(/C=C/C(Cc1ccccc1)C(=O)O)C1CCC(C(=O)N(C)C)CC1 AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3645 CC1CCCCN1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2O)c1 AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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