Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3691	Cc1cc(C(=O)NCC(=O)O)sc1C(=O)Nc1ccc(CNC(=O)c2cnc3ccc(C(F)(F)F)cc3c2)cc1	AlphaDrug	4YMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3692	Cc1cc(-c2cccc(C(=O)NCC(O)CN3CCOCC3)c2)sc1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	4YMB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3693	Cc1cc(C(=O)Nc2cccc(NS(C)(=O)=O)c2)sc1C(=O)Nc1ccc(CNC(=O)c2cnc3ccc(C(F)(F)F)cc3c2)cc1	AlphaDrug	4YMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3694	Cc1cc(-c2cncc(C(F)(F)F)c2)sc1C(=O)Nc1ccc(CNC(=O)c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	4YMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3695	Cc1cc(-c2ccc3ccccc3c2)sc1C(=O)Nc1ccc(CNC(=O)c2cnc3ccc(C(F)(F)F)cc3c2)cc1	AlphaDrug	4YMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3696	Cc1cc2ccc(-c3cc(C)c(C(=O)Nc4ccc(CNC(=O)c5cnc6ccc(C(F)(F)F)cc6c5)cc4)s3)cn2n1	AlphaDrug	4YMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3697	Cc1cc(C(=O)N2CCOCC2)sc1C(=O)Nc1ccc(CNC(=O)c2cnc3ccc(C(F)(F)F)cc3c2)cc1	AlphaDrug	4YMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3698	Cc1cc(-c2ccc3c(c2)CC(C(=O)O)C3C(F)(F)F)sc1C(=O)Nc1ccc(CNC(=O)c2cnc3ccc(C(F)(F)F)cc3c2)cc1	AlphaDrug	4YMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3699	COc1ccc(COc2ccc(CNC(=O)c3ccc(CC(=O)N4CCN(C)CC4)c(Cl)c3)cc2C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5OVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3700	CC(=O)NC1CCC2(C)C(=O)OC(CC3CCCCCC3)CC(O)C2C1C(=O)NCCO	AlphaDrug	5OVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3701	CC1C(CC(=O)O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC/C(c2ccc(O)cc2)=C\C=C(\C(=O)c2nc3c(Cl)ccc(C(C)(C)C)c3[nH]2)CC(O)C(O)C1O	AlphaDrug	5OVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3702	CC(C)(C)c1ccc(C(CC(=O)O)NC(=O)c2ccc3c(c2)C(=O)CCCC3)cc1	AlphaDrug	5OVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3703	CC(C)(C)/N=C(/C(=O)NC1CCCCCC1NC(=O)c1ccc(C(=O)NC2CCC(C(=O)O)CC2)cc1)C(=O)C1CCCCC1	AlphaDrug	5OVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3704	CNC1C=CCC(Nc2nc(-c3ccccc3)ncc2C(=O)NCCCCO)C1	AlphaDrug	5UEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3705	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5UEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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