DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3751 CC(CNC(=O)c1ccc2c(N)nc(NC3CCCCC3)nc2c1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3752 COc1cccc(C(C)NC(=O)c2ccc(NC3(C(=O)NC4(C)CCCCCC4)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3753 CC(NC(=O)c1ccc2ccccc2c1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3754 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(CN3CCOCC3)c2)ccn1)C(=O)O AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3755 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)c2)ccc1CNC(=O)C(C)N AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3756 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2ccc(CN)c(N)c2)ccn1)C(=O)O AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3757 Cc1cc(-c2ccnc(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)ccc1CNC(=O)C(C)N AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3758 Cc1cccc(-c2ccc3cc(C)c(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)O)cc3c2)c1 AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3759 CC(N)C(=O)NCc1ccc(-c2ccnc(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)O)c2)cc1C(=O)O AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3760 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)c(NC3CCCCC3)c2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3761 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c2)ccc1C(F)(F)F)C(=O)O AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3762 Cc1cccc(C(CC(C)(C)C)NC(=O)Nc2cc(-c3ccc(CNC(=O)C(C)N)c(C)c3)ccn2)c1 AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3763 CC(N)C(=O)NCc1ccc(-c2ccnc(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)O)c2)cc1C#N AlphaDrug 6EVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3764 Cc1c(C(=O)c2ccccc2)ccc2c1CC(C)N(c1cccc(-c3cccc(F)c3)c1)CC2O AlphaDrug 6IM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3765 Cc1c(C(=O)c2ccccc2)ccc2c1CC(C)N(c1cccc(-c3cccc(Cc4ccccc4)c3)c1)CC2O AlphaDrug 6IM4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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