DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3736 Cc1cccc(F)c1C(=O)Nc1cc(-c2ccccc2)cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 5H1U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3737 Cc1csc(-c2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 5H1U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3738 Cc1cccc(Cl)c1C(Nc1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NS(=O)(=O)C(F)(F)F)cc3)cc2n1C1CCN(C(=O)C2CC2)CC1)C(C)C AlphaDrug 5H1U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3739 CS(=O)(=O)N1CCC(Nc2nc(-c3ccc(C4(C(=O)NC(=O)NCCC5(NC(=O)NC(=O)C6CCCCC6)CCCCC5)CC4)nc3)cc3ccccc23)CC1 AlphaDrug 5H1U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3740 Cc1ccccc1C(=O)NC(CCCNC(N)=O)C(=O)NC(CCc1cn(C)c2ccccc12)C(=O)O AlphaDrug 5H1U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3741 Cc1ccccc1C(Cn1nc(N)c2ccc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)cc21)C(=O)O AlphaDrug 5H1U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3742 Cc1ccccc1C(=O)NC(C(=O)/N=C/CN(Cc1cnc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c(C)n1)C(=O)OCc1ccccc1)C(C)C AlphaDrug 5H1U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3743 Cc1ccccc1NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5H1U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3744 CCC1/C=C\C(C(=O)O)=C/C=C2/C(N)=C/C2=C/C=C2/C(N)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCc3nn2cc3C(=O)NC2CCC(C)(CC2)C(=O)N1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3745 COC1C(NC(=O)c2ccccc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3746 CC(NC(=O)c1ccc2nc(NC3CC3)nc(NC3C=CC(NC(=O)c4ccc(F)cc4)CC3)c2c1)c1ccccc1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3747 CC(NC(=O)c1cc(-c2cncc(C(F)(F)F)c2)nc2ccccc12)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3748 Cc1sc(Nc2ncc(-c3cccc(C(N)=O)c3)s2)nc1-c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3749 Cc1ccccc1-c1nc(NC(=O)Nc2cccc(-c3c(C)cn(C)c3C(=O)NCCN3CCOCC3)c2)cc(C(F)(F)F)n1 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3750 Cc1c(C(=O)NC(C)c2ccccc2)oc2cc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)ccc12 AlphaDrug 5OSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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