Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3721	CC1(C)CCCC(c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5NKA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3722	CC(C)CC1CC(=O)N(C)c2ccc(cc2)C(=O)Nc2ccccc21	AlphaDrug	5NKA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3723	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccccn1)C(=O)NC(C(=O)NC(C(=O)NC(C(=O)O)C(C)C)C(C)C)C(C)C	AlphaDrug	5NKA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3724	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(-c5ccccc5)c4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3725	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(C5CCC5)cc4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3726	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)N4CCC(N5CCCCC5)CC4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3727	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(CNC(=O)c3ccc(N4CCN(C(=O)Oc5ccccc5)CC4)cc3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3728	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3729	CC1(C)CC(CCCNc2ncnc3ccc(-c4ccccc4)cc23)C1=O	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3730	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3731	CC1(C)CC(=O)N(c2ccccc2)CCCNC(=O)/C1=C\c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3732	CC1(C)C=CCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(-c5nnn[nH]5)cc4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3733	CC1(C)CCCC(NC(=O)c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(-c5cnc(C(F)(F)F)cn5)cc4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4RPO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3734	COc1ccc(CN2C=CN(S(=O)(=O)Cc3cn(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c4ccccc34)C=C2)cc1	AlphaDrug	5H1U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3735	Cc1ccccc1NC(=O)NC(CCNC(=O)CCc1ccccc1)C(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5H1U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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