DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3706 CCOC(=O)C(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)c1cc(C(C)C)ccc1OCC(=O)O AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3707 CC(C)CC(NC(=O)Cc1cccc2ccc(OCCCN(C)C)cc12)C(=O)O AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3708 CNC1CCC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3709 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=S)N=C4 AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3710 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3711 CN1CCN(S(=O)(=O)c2cc(N3CCN(S(=O)(=O)c4ccccc4Cl)CC3)ccc2OC(F)(F)F)CC(c2cc(C(C)(C)C)ccn2)C1 AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3712 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)NC(=S)NC4 AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3713 CN1CCN(C(=O)c2cc3cc(-c4cc(OCC(F)(F)F)ccc4OCC(=O)O)ccc3n2C2CCCC2)CC1 AlphaDrug 5UEZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3714 CC(C)OC(=O)C1OC(C(=O)NC(C(=O)c2ccccc2)C(C)C)C(C)C1C AlphaDrug 5NKA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3715 CCC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)ccc1O)C(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 5NKA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3716 CC1(C)C=CC(C(=O)NCCCCCCCC(=O)Nc2ccccc2)(c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5NKA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3717 CC(Cc1ccc(O)c(O)c1)C(C)NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)c(Cl)cc1Cl AlphaDrug 5NKA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3718 CC1(C)CCCC(c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCC(=O)Nc4ccccc4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5NKA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3719 CC1(C)c2cc(C(F)(F)F)ccc2CCN1C(=O)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5NKA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3720 CC(C)CC(CN(c1ccccc1)c1ccccc1)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5NKA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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