DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3676 Cc1ccccc1CCNCc1ccc(-c2nc3c(-c4cn[nH]c4)cccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3677 Cc1cc(C(=O)NC2CCCCC2)cc2nc(-n3cnc4ccccc43)[nH]c12 AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3678 CC1(C)CCC(Nc2nc(-c3ccc(-c4cn[nH]c4)cc3)nc3ccccc23)CC1 AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3679 CC(CNC(=O)c1ccc(Cl)c(-n2cnc(SCC(=O)O)n2)c1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3680 CC1=C(c2ccc(Cl)cc2)NC(=O)C(Cn2nnc3ccccc32)N1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3681 CC(CNC(=O)c1ccc(Cl)c(-n2cnc3c(C(F)(F)F)cccc32)c1)C(=O)CCC/C=C/CNC(=O)c1cccnc1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3682 CC(=O)Nc1ccc(-n2nnc(CCC(=O)O)c2CCCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3683 CC(CNC(=O)c1ccc(C(=O)O)nc1)c1cnc(/N=C/C2CC2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3684 Cc1ccc(C(=O)NCC(C)C(=O)NC2(c3cnc(C)cn3)CCN(CC(=O)O)C2)cc1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3685 CC(CNC(=O)c1ccc(Cl)c(-n2cnc3c(C(N)=O)cccc32)c1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3686 CC(CNC(=O)c1ccc(CCCC2(O)CC2)cc1)c1cnc(CCC2CCNC(=O)C2)c2ncnn12 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3687 CC(CNC(=O)c1ccc(Cl)c(-n2cnc3c(-c4cnn[nH]4)cccc32)c1)C(=O)O AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3688 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)C(O)C(=O)O)CC2)c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4PP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3689 Cc1cc(-c2cncc(C(F)(F)F)c2C)sc1C(=O)Nc1ccc(/C=N/C(=O)c2cnc3ccc(C(F)(F)F)cc3c2)cc1 AlphaDrug 4YMB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3690 Cc1cc(-c2ccc3c(c2)n(C)c(=O)n3C)sc1C(=O)Nc1ccc(F)c(N2CCN(S(=O)(=O)Cc3ccccc3)CC2)c1 AlphaDrug 4YMB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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