DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3661 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(-c4cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c4OCC(=O)O)ccc3Oc3ccc(O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3662 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(-c4cc(OCC(=O)O)c5ccccc5c4OCC(=O)O)ccc3O)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3663 CN1CCN(c2ccc(-c3c(C(=O)NCC(O)c4cccc(Oc5ccccc5)c4)ccc4ccccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3664 CN1CCN(c2cc(C(=O)NC3CCCCC3)cc3ccccc23)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3665 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(C(C)(C)C)ccc3Oc3ccc(O)c(O)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3666 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(C(=O)NCC(=O)O)ccc3Oc3ccc(O)c(F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3667 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(C(=O)O)ccc3OCc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3668 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(-c4cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c4OC(F)(F)F)ccc3Oc3ccc(O)c(O)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3669 Cc1cc(Nc2ncc(Cl)c(NCc3ccccc3)n2)nc(N2CCC(Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)n1 AlphaDrug 3WTJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3670 Cc1cc(O)c(/C=N/C(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1F AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3671 Cc1cc(C(=O)O)cc2nc(-c3cccc(NS(=O)(=O)Cc4ccccc4)c3)[nH]c12 AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3672 Cc1cc(Nc2ncc(F)c(NC(=O)Nc3ccc(-c4cnn[nH]4)cc3)n2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3673 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCC(N5CCOCC5)CC4)cc3)ns2)ncc1F AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3674 Cc1ccccc1CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3nnn[nH]3)cc2)c(NCc2nnc(-c3ccccn3)o2)n1 AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3675 Cc1cc(Nc2nc(N3CCC(C(=O)Nc4ccc(Cl)c(Cl)c4)CC3)ns2)ncn1 AlphaDrug 3WTJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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