DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3646 CC1CCCCN1c1cc(-c2cc(-c3ccccc3)ccc2O)ccc1C(=O)O AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3647 CC1CCCN(Cc2cn3c(C(=O)O)nc(-c4ccc(Cl)cc4)nc3n2)C1 AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3648 Cc1cc(/C=C/c2n[nH]c3ccccc23)cc(N2CCCCC2C)c1 AlphaDrug 5J8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3649 CC(C)(CC(=O)Nc1ccc2ccncc2c1)C(=O)NC1CCCC1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3650 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC2(CCC(NC(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3651 CN(C)Cc1cc(C(=O)N2CCCC(C(=O)OC(C)(C)C)CC2)cc(-c2ccc(C(=O)O)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3652 CCCCC(=O)N1CCC(C(=O)c2cc(CN)cc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3653 CC(C)(CC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(CNC(=O)C3CCCCCC3)cc2)cc1)C(=O)O AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3654 CCCC(=O)N1CCC(C(=O)c2cc(CN)cc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3655 Cc1ccccc1C(=O)NCc1ccc(-c2ccc(NC(=O)CC(C)(C)C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3656 CC(C)(CC(=O)Nc1ccc(-c2cccc(NC(=O)C3CCCCCC3)c2)cc1)C(=O)O AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3657 CC(C)(CC(=O)Nc1ccc(-c2cc(Cl)cc(C(F)(F)F)c2)cc1)c1cnn(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3658 CC(C)(CC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(C3CCCCN3c3cccc(Cl)c3)s2)cc1)n1cnc(Cl)c1 AlphaDrug 5IME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3659 CN1CCN(c2ccc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3Oc3ccc(O)c(Cl)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3660 CC(C)(C)C(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(Oc4cccc(NC(=O)c5ccc(F)cc5)c4)c3)ccn2)CC1 AlphaDrug 5UEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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