Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3766	CC1Cc2c(C(F)(F)F)cc(Cl)c(C(=O)N3CCC(c4ccnc(C5CC5)c4)CC3)c21	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3767	Cc1c(C(=O)c2ccccc2)ccc2c1CC(C)N(C(=O)c1c(F)cc(C(F)(F)F)cc1OCC(F)(F)F)CC2O	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3768	Cc1c(C(=O)c2cn[nH]c2)ccc2c1CC(C)CC2NCc1cccc(O)c1O	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3769	Cc1c(C(=O)c2ccccc2)ccc2c1CC(C)N(c1cccc(-c3ccncc3)c1)CC2O	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3770	COC(=O)c1cccc(NC(=O)c2ccc(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c3ccccc23)c1	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3771	CC1Cc2[nH]nc(C(=O)N3CCCC(c4ccnc(C5CC5)c4)CC3)c2C1	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3772	Cc1c(C(N)=O)ccc2c1CC(C)C2CC(=O)c1ccc(O)cc1-c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3773	Cc1c(C(=O)c2ccccc2)ccc2c1CC(C)C(O)CC2O	AlphaDrug	6IM4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3774	CC(C)Oc1ccc(-c2nc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)NCc5cccc(-c6nccnc6C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)cs2)cc1	AlphaDrug	5F8Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3775	CC1(C)Cc2ccc(C(NC(=O)NC(CO)c3cccc(C(F)(F)F)c3)C(C)(C)C(=O)c3ccc(O)c(F)c3)cc21	AlphaDrug	6OJA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3776	Cc1ccc2cc(-c3ccc4c(c3)C(C)(C)C4)c(C(=O)NC(CO)c3ccccc3)cc2c1	AlphaDrug	6OJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3777	CC1(C)Cc2ccc(C(NC(=O)NC(CO)c3cccc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)c3)c3ccccc3)cc21	AlphaDrug	6OJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3778	Cc1ccc(N(C(=O)NC(c2ccc(C(N)=O)cc2)c2ccc3c(c2)C(C)(C)C3)C2CC2)cc1NCC(=O)O	AlphaDrug	6OJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3779	Cc1ccccc1-c1cccc(C(CO)NC(=O)NC(c2ccc(F)cc2)c2ccc3c(c2)C(C)(C)C3)c1	AlphaDrug	6OJA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3780	CC1(C)Cc2ccc(C(NC(=O)NC(CO)c3cccc(-c4ccccc4)c3)c3ccc(C(=O)NN)cc3)cc21	AlphaDrug	6OJA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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