DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38806 COc1ccc([C@@H]2CC3=c4ccc(=C5C=C(C)C=CC5)cc4Cc4cc(O)cc(c43)O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38807 O=C1C2=CC=C=CC2=CN1c1cc2c(c3ccccc13)Cc1ccc3c(c1O2)CCCC3 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38808 O=C1CC=C2C(=O)N(c3cc4c(c5ccccc35)Cc3ccc5c(c3O4)CCCC5)C=C2C1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38809 COc1ccc([C@@H]2CC3=c4ccc(=C5C=C(C)C=CC5)cc4C(=O)c4cc(O)cc(c43)O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38810 Cc1ccccc1-c1ccc2c(c1O)-c1ccc(-c3ccc(CC(=O)O)cc3)cc1C(C)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38811 O=C(O)Cc1cccc2c1Cc1cc(O)c(Oc3ccc4ccccc4c3)c3c1C2CC=CC3 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38812 Cc1cc2c(cc1[C@H]1CCCC[C@@H]1C)C=C1CC(=CCCCC(=O)O)OC3=C1C(=CC3)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38813 CCc1cccc2c1ccc1c(COc3ccc4c(c3)OCC(C)O4)c(OC)ccc12 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38814 COCc1ccc2c(c1)Nc1cc(-n3ccc(C(=O)O)cc3=O)c3ccccc3c1C2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38815 Cc1c2c(cc3c1=CC(O)=CO3)=C1CC(c3ccc(CC(=O)O)cc3)Oc3cc(O)cc(c31)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38816 O=C1c2ccccc2CN1c1cc2c(c3ccccc13)Cc1ccc3cc(O)ccc3c1C2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38817 COc1ccc(C2CC3=C4C=c5ccc(C)cc5=CC4C(O)c4cc(O)cc(c43)O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38818 c1cc2c3c(c1)-c1cc4c(cc1CC3CCO2)OCC12CCCC41CCC2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38819 C=C1C(=C2C=CCCC2)Cc2cc(O)c(Oc3ccc4ccccc4c3)c3c2[C@@H]1CC=CC3 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38820 COc1ccc(C2CC3=c4cc(O)c5c(c4Cc4cc(O)cc(c43)O2)C(C)CC=5C(C)O)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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