DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38866 CC(O)c1cc2c3c(c1O)Oc1cc(-c4ccc(CC(=O)O)cc4)c(F)c4c1C3C(=CC2)CC4 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38867 Cc1ccc2c3c(ccc2c1)Cc1c(cc(N2Cc4ccccc4C2=O)c2ccccc12)C3 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38868 O=C(O)CO Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38869 COc1ccc(C2CC3=C4C=c5ccc(C)cc5=CC4C(C)c4cc(O)cc(c43)O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38870 c1cc2c3c(c1)-c1cc4c(cc1OC3CCO2)OCCC41CCCC1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38871 COc1cc(OC)c2c(ccc3c(C)cc(O)cc32)c1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38872 O=c1ccc2ccccc2o1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38873 O=C1c2ccccc2CN1c1cc2c(c3ccccc13)Cc1ccc3ccccc3c1C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38874 C1=CC2Cc3cc4c(cc3-c3cccc(c32)O1)C12CCCC1(CCC2)CO4 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38875 CCc1ccc([C@@H]2CC(=C3C=C(O)[C@@H]4C(=C3)[C@@H](C)C[C@H]3CCC[C@H]43)c3ccc(O)cc3O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38876 COc1cccc(-c2cccc3c2OCc2ccccc2-3)c1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38877 CC1=CC2=CC=C3c4c(F)cc(F)c(Cl)c4OC4CC5=C(C1=CC5)C2C34 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38878 CCc1ccc([C@@H]2CC(=C3C=C4C=CC=C5C(=O)C=CC(=C3)C45)c3ccc(O)cc3O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38879 COc1ccc([C@@H]2CC(=C3C=C4OC[C@@H]5[C@H]4C(=C3)[C@@H](C)C[C@H]5O)c3ccc(O)cc3O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38880 COc1ccc([C@@H]2CC(=c3cc4c5c(c3)[C@H](C)C=CC=5[C@H](C)C=C4)c3ccc(O)cc3O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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