Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38881	CCc1ccc([C@@H]2CC(=C3C=C4OC[C@@H]5[C@H]4C(=C3)[C@@H](C)C[C@H]5CC)c3ccc(O)cc3O2)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38882	COc1ccc(C2CC3=C4C=C(C=O)C5CCCC(C)C5=C4Oc4cc(O)cc(c43)O2)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38883	COc1ccc(C2CC3=C4C=c5ccccc5=C5C=CCC(c6cc(O)cc(c63)O2)C45)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38884	CC1Cc2ccc3c(c2-c2ncc(-c4ccc(CC(=O)O)cc4)cc21)OCc1ccccc1-3	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38885	Cc1cc2c(cc1[C@H]1CCCC[C@@H]1C)C=C1CC(=CCCCC(=O)O)Cc3occ(c31)C2	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38886	CC1C=C2C=CC3=C(Cc4cc(N5Cc6cc(O)ccc6C5=O)c5ccccc5c4C3)C2C1	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38887	CCC1=c2c(O)cc3c(c2C(C)(C)C1)Cc1cc(O)cc2c1C=3CC(c1ccc(OC)cc1)O2	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38888	COc1cc2c(c(C3=CCOc4cc5ccccc5cc4O3)c1)CC(C1CCCC1=O)C=C2	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38889	COc1cc2ccc3c(c2cc1COc1ccc2c(c1)OCC(O)O2)OC(CO)C(O)C3	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38890	CC1Cc2c(ccc(Oc3ccc4c(c3)C=CC(=O)C4)c2CC(=O)O)C2CC3CCC=C3C=C12	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38891	CC1=Cc2c(Oc3ccc4ccccc4c3)c(O)cc3c2C(C=C1)c1cccc(C(=O)O)c1N3	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38892	CCc1ccc(C2CC3=C4C=C5C=CC=C6CCC(C)C(=C4Oc4cc(O)cc(c43)O2)C56)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38893	CCC(C)=O	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38894	COc1cc2c3c(ccc(Oc4ccc5ccccc5c4)c3c1)-c1cc3occc3cc1C2	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38895	CCc1ccc(C2CC3=c4cc5c(c6c4C(CC6)c4cc(O)cc(c43)O2)=C(O)C(C)=C=C5)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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