Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38836	c1cc2c3c(c1)-c1cc4c(cc1NC3CCO2)OCC12CCCC41CCC2	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38837	CCC(O)C1=C2Cc3cc(O)c(Oc4ccc5ccccc5c4)c4c3C(CC=CC4)C2=CCC1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38838	OC1=CC2=CC=C3c4ccc(F)c(Cl)c4OC4CC5=C(C1=C1C=CC=CC15)C2C34	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38839	Cc1cc2c(cc1[C@H]1CCCC[C@@H]1C)C=C1CC(=CCCCC(=O)O)Cc3scc(c31)C2	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38840	CC(O)c1cc2c3c(c1O)Oc1cc(-c4ccc(CC(=O)O)cc4)c(F)c4c1C3C(=CC2)CO4	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38841	CCc1ccc(C2CC3=C4C=C5C=CC=C6CCC7CCC(c8cccc(c83)O2)C4C7C56)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38842	COc1ccc(-c2cnc3c(c2)C(C)Cc2ccc4c(c2-3)OC(=O)C(C)C4=O)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38843	CC1=CC=C2CC3=Cc4cc(O)c(O)cc4C(=O)C3=CC2C1	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38844	Oc1ccc2c(c1)-c1cc3c(cc1OC2)CC1OCOc2cccc-3c21	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38845	CC12CCCCC1COc1cc3c(cc12)-c1cccc2c1C(C=CC2)C3	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38846	CCc1c(CC(=O)O)cccc1Oc1ccc2ccccc2c1	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38847	O=C(O)c1c(O)ccc2c1Nc1cc(O)c(Oc3ccc4ccccc4c3)c3c1C2C=CC=C3	Pocket2Mol	5Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38848	CC1=CC2=CC=C3c4ccc(F)c(Cl)c4OC4CC5=C(C1=CC5)C2C34	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38849	COc1ccc([C@@H]2CC(=C3C=C(O)[C@@H]4C(=C3)[C@@H](C)C[C@H]3CCC[C@H]43)c3ccc(O)cc3O2)cc1	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38850	OC1=CC2=CC=C3c4ccc(F)c(Cl)c4OC4Oc5cc6c(c1c5C2C34)C=CC6	Pocket2Mol	5Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

38836 to 38850 of 73725 items. Total 4915 pages.