DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38851 Oc1cc2c3c(c1Oc1ccc4ccccc4c1)C=CCCC3c1ccc3c(c1C2)CCCC3 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38852 COc1cc2c(c(C3=CCOc4cc5ccccc5cc4O3)c1)CC(C1C=CC(C)C1)CC2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38853 N#CCc1ccc(C2CC3=c4cc5c(cc4C(=O)c4cc(O)cc(c43)O2)=CC(Cl)=CC5=O)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38854 COc1ccc(C2CC3=C4C=c5ccc(O)cc5=CC4C(O)c4cc(O)cc(c43)O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38855 O=C1C2=CC=CCC2=CN1c1cc2c(c3ccccc13)Cc1ccc3c(c1O2)CCCC3 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38856 COc1ccc2c(cnc3c(O)c(O)ccc32)c1COc1ccc2c(c1)OCC(C)O2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38857 OC1CCC(c2ccc3c4c2OCCC4Nc2cc4c(cc2-3)C23CCCC2(CCC3)CO4)C1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38858 CC1=CCC(c2ccc3c(c2)C(C)Cc2cc4c(cc2-3)C2(C)CCCC2CO4)C1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38859 CCC(O)C1=C2Cc3cc(O)c(Oc4ccc5ccccc5c4)c4c3C(CCC=C4)C2=CCC1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38860 C#CCc1ccc(C2CC3=C4C=C5C=CC(C)=CC5C=C4C(C)c4cc(O)cc(c43)O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38861 COc1cc(OC)c2cc(C3(C)CCCO3)ccc2c1COc1ccc2c(c1)OCC(C)O2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38862 O=C1C2=CCC=CC2=CN1c1cc2c(c3ccccc13)Cc1ccc3c(c1O2)CCCC3 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38863 CC1=CC=C2CC3=Cc4cc(O)ccc4C(=O)C3=CC2C1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38864 CCc1ccc([C@@H]2CC(=C3C=C4OC[C@@H]5[C@H]4C(=C3)[C@@H](C)C[C@@]5(C)O)c3ccc(O)cc3O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38865 Cc1c(Oc2ccccc2)cc2cc3c4c(ccc3cc2c1O)C(C)(C)CO4 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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