DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38896 Oc1cc2c3c(c1Oc1ccc4ccccc4c1)CCCCC3c1ccc3ccccc3c1C2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38897 Cc1ccccc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38898 O=C1C=C=C(O)C2=C1c1cc(-c3ccccc3)ccc1OC2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38899 CC(=O)O Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38900 COc1cc2c3c(ccc(Oc4ccc5ccccc5c4)c3c1)C1=CC3=CC=CC3C=C1C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38901 Cc1c(Oc2ccccc2F)cc2cc3cc(C(F)(F)F)ccc3cc2c1O Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38902 COC1=Cc2ccc3c(c2=C=C1)=COc1c(O)cccc1-3 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38903 CC1=C2Cc3cc(C)c([C@H]4CCCC[C@@H]4C)cc3C=C3CC(=CCCCC(=O)O)OC(=C32)C1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38904 Cc1cc2c(cc1[C@H]1CCCC[C@@H]1C)C=C1CC(=CCCCC(=O)O)Oc3oc(C)c(c31)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38905 O=C1C(O)=C=C(O)C2=C1c1cc(-c3ccccc3)ccc1OC2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38906 CCc1ccc([C@@H]2CC(=C3C=C4OC[C@@H]5[C@H]4C(=C3)[C@@H](C)CC5(C)C)c3ccc(O)cc3O2)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38907 CC1(C)CC2CCC13c1cc4c(cc1C=CC3C2)Cc1csc2c1C(=C4)C=C(C(=O)O)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38908 COc1ccc2c(ccc3c(Cl)cccc32)c1COc1ccc2c(c1)OCC(C)O2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38909 O=C(O)Cc1ccc(-c2cc3c(cc2F)C2CCC4Cc5ccc(O)cc5C(=C42)O3)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38910 O=C1c2ccccc2CN1c1cc2c(c3ccccc13)Cc1ccc3ccccc3c1O2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

38896 to 38910 of 73725 items. Total 4915 pages.