DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38911 CCc1ccc2c(c1)C(=O)N(c1cc3c(c4ccccc14)Cc1ccc4ccccc4c1O3)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38912 COc1ccc(C2CC3=C4C=C5CC=C(Cl)C=C5C5CCCC(c6cc(O)cc(c63)O2)C45)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38913 Oc1cccc(Cl)c1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38914 CCc1ccc(C2CC3=c4cc5c(c6c4C(CC6)c4cc(O)cc(c43)O2)=CC(C)=CC5)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38915 Nc1ccccc1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38916 Cc1cc2c(cc1[C@H]1CCCC[C@@H]1C)C=C1CC(=CCCCC(=O)O)Oc3scc(c31)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38917 O=C(O)CCCCCCCc1cccc(-c2ccc3c(c2)OCCC3=O)c1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38918 COc1cc2c(c(C3=CCOc4cc5ccccc5cc4O3)c1)CC1C(CCC3CCCC31)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38919 CC1=COc2cc3c(c(C)c2=C1)Cc1cc(O)cc2c1C=3CC(c1ccc(CC(=O)O)cc1)O2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38920 Cc1ccc2c(c1)C=C1Cc3ccc(O)cc3C=C1C2 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38921 CC1Cc2cc3c(cc2-c2ccc(CCC(=O)O)cc21)C1=CCCCC1(C)CO3 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38922 CC1CCC2(C)COc3cc4c(cc3C12)-c1cccc2c1C(CCO2)C4 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38923 Cc1cc2c(cc1[C@H]1C=C=CCCC1(C)C)C=C1CC(=C3C=CC=C3)Cc3occ(c31)C2 Pocket2Mol 5Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38924 O=c1oc2ccc(-c3ccccc3)cc2c2cc(O)cc(O)c12 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38925 O=C(O)Cc1ccc(-c2cc3c4c(c2F)CC(O)CC4c2ccc(C(F)(F)F)c(O)c2O3)cc1 Pocket2Mol 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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