Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
40711	CCn1ccnc(CC2=NC3CCCCN3c3cnc(N)cc32)c1=O	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40712	CC(=O)NCCC1=C=C(F)C(F)=CN1C(O)Oc1cc(Oc2ccccc2)cc2c1OCC1=C(C)C(=O)CCN12	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40713	CC(F)=C[C@H]1[C@H](CO)C[C@@H]2[C@H]3O[C@](O)(c4ccccc4)C[C@@H]4c5nc(-c6cncnc6O)cn5C[C@H](C(=O)N12)N43	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40714	Cc1ccc(C2=C3NC(Cc4nc5c(C)ccc(C(=O)O)c5[nH]c4=O)c4cc(C)ccc4N3CC2)cc1	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40715	CC(=O)NCCC1=C=C(F)C(F)=CN1C(O)Oc1cc(Oc2ccccc2O)cc2c1OCc1c(C)c(=O)ccn1-2	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40716	C/C1=C(\O)NC(=O)c2cccc(F)c2C2=C=C(Cc3ccc(-c4cc(C)ccc4O)cn3)c3cc(N)ccc3N2CC1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40717	Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3ccc4c(O)cccc4c3cn1)=C=C(c1ccccc1)N2CCC1=CN=C=C1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40718	Cc1ccc2c(c1)C1Cc3nc4c(ccc(C(=O)O)c4[nH]c3=O)C#CCc3cc(O)ccc3C3=C(N1)N2CC3	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40719	Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c(F)cccc3cn1)=NC1=C3NC(OCC(=O)O)=CC=C3CCN12	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40720	Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c(cn1)-c1ccccc1CC3)=C=C(c1cccc(F)c1)N2CCO	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40721	Cc1ccc(O)c(-c2ccc(CC3=C=C4c5c(F)cccc5/C=N\C5=C(CCN5)CCN4c4ccc(N)cc43)nc2)c1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40722	C/C1=C(\O)NC(=O)c2ccc(F)c(F)c2C2=C=C(Cc3ccc(-c4cccc(C)c4)cn3)c3cc(N)ccc3N2CC1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40723	COCC[C@@H](O)[C@@H]1C[C@@H]2c3nc(-c4c(O)cccc4O)cn3C[C@@H]3C(=O)N([C@@H](C=C(C)C)C(=O)O)C[C@@H](O1)N32	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40724	COCC1=CC=C2CCN3C(=C2N1)N=C(Cc1cc2cnccc2cn1)c1cc(N)ccc13	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40725	Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c(cn1)-c1c(O)ccc(O)c1CC3)=C=C(c1ccccc1)N2CCC1=CN=C=C1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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