DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40726 Cc1cc(C)c(C2=C3NC(Cc4nc5ccc6cccc7ccn(c4=O)c5c67)c4cc(N)ccc4N3CC2)c(C)c1C Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40727 CC(=O)NCCC1=C=C(F)C(F)=CN1C(O)Oc1cc(Oc2ccccc2)cc2c1OCC1=CC(C)=CCN12 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40728 CNC=C(C=O)c1ccc(C)nc1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40729 CCC1CC(CO)C=C2C3OC(c4ccc(C)cc4)CC4c5nc(-c6cc(O)ccc6O)cn5CC(C(=O)N21)N34 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40730 CC(C)=C[C@@H](C(N)=O)N1C[C@H]2O[C@H]([C@H]3CC[C@H](C)CO3)C[C@@H]3c4nc(-c5ccccc5O)cn4C[C@H](C1=O)N23 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40731 NCCc1cc2c(cc1C1=CC(Oc3ccccc3)=CC3=C4CN5C(=O)C(=CO)C=C[C@@H]5C=C4CN13)NCN2 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40732 Cc1cc(O)c(O)c(-c2ccc(CC3=C=C(c4ccccc4F)N(CCC4=CN=C=C4)c4ccc(N)cc43)nc2)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40733 COc1ccccc1Oc1cc(OC(O)N2C=C(F)C(F)=C=C2CCNC(C)=O)c2c(c1)N1CCC(=O)C(C)=C1CO2 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40734 Cc1cc(O)c(O)c(-c2ccc(CC3=C=C(c4cccc(F)c4F)N(CCc4cn[nH]c4)c4ccc(N)cc43)nc2)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40735 COc1ccc(-c2nc(-c3ccc(Cl)cc3O)nc3c2NCC3CC(=O)O)nc1OC Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40736 Cc1c(-c2ccc(CC3=NC4=C(C(=O)O)CCCN4c4ccc(N)cc43)nc2)cn(C)c1C Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40737 CCCOC1=CC=C2CCN3C(=C2N1)N=C(Cc1cc2c(cn1)C=C(C)CC2)c1cc(N)ccc13 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40738 Cc1cc2c(cc1F)N1CCC3=C1NC2Cc1nc2c(ccc(C(=O)O)c2[nH]c1=O)CCCc1ccccc13 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40739 Cc1ccc(O)c(-c2ccc(CC3=C=C4c5c(F)cccc5COC5=C(CC=C5)CCN4c4ccc(N)cc43)nc2)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40740 Cc1ccc(C2=C3NC(Cc4nc5c(C)cccc5n(C)c4=O)c4cc(C)ccc4N3CC2)c(C)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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