DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40786 CCC1Cc2scnc2C=C1C1=CC=C2C=CN3C(=O)CN4C(=O)CN1C2C34 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40787 NCCc1cc2scnc2cc1C1=CC(Oc2ccccc2)=CC2=C3C(=O)N(c4ccccc4F)CC=C3CN12 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40788 C/C1=C/CCc2cccc(F)c2C2=C=C(Cc3ccc(-c4cc(C)ccc4O)cn3)c3cc(N)ccc3N2CC1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40789 COc1ccc(-c2nc(-c3ccc(C)cc3O)nc3c(CC(=O)O)c[nH]c23)nc1OC Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40790 COc1ccc(C2=C=C(Cc3cc4ccc5ccccc5c4cn3)c3cc(N)ccc3N2CCC(N)=O)cc1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40791 Cc1cccc2c1nc(CC1NC3=C(c4ccc(O)c(O)c4)CCN3c3ccc(N)cc31)c(=O)n2C Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40792 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1ccc(-c3ccccc3)cn1)=C=C(c1cc(F)cc(F)c1)N2CCc1cc[nH]c1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40793 C=CCCN1C(c2c(F)cccc2F)=C=C(Cc2ccc(-c3ccccc3)cn2)c2cc(N)ccc21 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40794 Cc1ccc(O)c(-c2ccc(CC3=C=C4c5c(F)cccc5/C=N\c5[nH]ccc5CCN4c4ccc(N)cc43)nc2)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40795 CCn1ccnc(CC2NC3CC(C)CCN3c3ccc(N)cc32)c1=O Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40796 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c(cn1)-c1cc(C(=O)O)cc(O)c1CC3)=C=C(c1ccc(C(=O)O)cc1)N2CO Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40797 CCn1ccnc(CC2NC3CC(C)CCN3c3cnc(N)cc32)c1=O Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40798 CCc1cc2[nH]cnc2cc1C1=CC(Oc2ccccc2)=CC2=C3C(=O)N(c4ccccc4)CC=C3CN12 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40799 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3cnccc3cn1)=NC1=C3NC(C(=O)O)=CC=C3CCN12 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40800 COc1ccc(C)cc1-c1ccc(CC2=C=C3c4c(F)cccc4/C=C\C(O)=C(\C)CCN3c3ccc(N)cc32)nc1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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