DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40801 Cc1ccc2c(c1)C(Cc1ncc3ccccn3c1=O)=CC1CCCCN21 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40802 Cc1ccc2c(c1)C(Cc1nc3c(C)cccc3n(C)c1=O)NC1=C(c3ccn(C)c(=O)c3)CCN12 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40803 CN1C(c2ccccc2)=C=C(Cc2cc3c(O)c(F)cc(O)c3cn2)c2cc(N)ccc21 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40804 CCc1cc2c(cc1C1=CC(OCC(C)C)=CC3=C4C(=O)N(c5ccc(F)cc5)CC=C4CN13)N=C=N2 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40805 CC1CCn2c(nc3nc4c(nc3c2=O)-c2nccn2C2OCCN(C)C2C4)N1C Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40806 CC(=N)C(=O)NC[C@H]1C[C@H]2OC=C(C=CC(N)=O)[C@@H](O[C@@H]3[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]3O)[C@@]2(C)O1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40807 COC(=O)c1ccc2c3nc(c(=O)[nH]c13)CC1NC3=C(CCN3c3ccc(O)cc31)C1=CC(=O)N(C)C/C1=C\C=C\2 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40808 CCc1cc2[nH]cnc2cc1C1=CC(Oc2ccccc2C)=CC2=C3C(=O)N(c4ccccc4)CC=C3CN12 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40809 CC1=NN(C(=O)c2ccc3c(c2)CNC(=O)C3F)CC1 Pocket2Mol 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40810 NC(=O)c1cnn(Cc2ccc3c(c2)CC(N)S3(=O)=O)c1 Pocket2Mol 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40811 Nc1cnc(C(=O)c2ccc3c(c2)CNC(=O)C3=O)cn1 Pocket2Mol 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40812 CC1=NN(C(=O)c2ccc3c(c2)C(=O)NC(=O)C3)CC1 Pocket2Mol 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40813 NC1=NC2=NCN=C3CCc4cc5[nH]c(=O)cnn5c4C1=C32 Pocket2Mol 5KO1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40814 NC1=NC2=NCC=C3CNc4ccc5c(N)cnn5c4C1=C32 Pocket2Mol 5KO1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40815 NC1=NC2=NCC=C3CCc4cc5[nH]c(=O)cnn5c4C1=C32 Pocket2Mol 5KO1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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