DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40756 COc1ccnc(CC2=NC3CN(C)CCCN3c3cc(F)c(C)cc32)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40757 COc1ccc(-c2nc(-c3ccc(C)cc3)nc3c(Cc4ccccc4)ccnc23)nc1OC Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40758 CCc1cc2[nH]cnc2cc1C1=CC(Oc2cc(O)ccc2C)=CC2=C3C(=O)N(c4ccccc4)CC=C3CN12 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40759 CCC=CCOc1ccc2cc(CO)cnc2c1C(=O)O Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40760 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c(cn1)-c1ccc(O)cc1CC3)=C=C(c1cccc(F)c1)N2CCO Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40761 COCC1=CC=C2CCN3C(=C2N1)N=C(Cc1cc(CN)ccn1)c1cc(N)ccc13 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40762 COc1ccnc(CC2=NC3=C4C=CC=C4CCN3c3ccc(N)cc32)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40763 Cc1cccn(CC=C2O[C@H]3C[C@H](C)NC[C@H]3c3cc(N)ncc32)c1=O Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40764 CCN1C(c2ccc(C(=O)O)cc2C)=C=C(Cc2ccc(-c3ccccc3)cn2)c2cc(N)ccc21 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40765 CCN1C(c2cccc(OC)c2)=C=C(Cc2ccc(-c3ccccc3)cn2)c2cc(N)ccc21 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40766 Cc1cccn(CC=C2O[C@@]34CCC[C@@H](C3)NC[C@H]4C3=C2CC(CO)=C3)c1=O Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40767 COc1ccc(-c2nc(-c3ccc(Cl)nc3O)nc3c(CC(=O)O)ccnc23)nc1OC Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40768 CC=C1C=Cn2c(c(C)nc(C[C@H]3NC4=C(c5ccc6ccccc6c5C)CCN4c4ccc(N)cc43)c2=O)C1 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40769 CCc1cc2[nH]cnc2cc1C1=CC(Oc2cccc(O)c2)=CC2=C3C(=O)N(c4ccccc4)CC=C3CN12 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40770 Cc1cc(O)c(O)c(-c2ccc(CC3=C=C(c4cc(O)ccc4F)N(CCc4cc[nH]c4)c4ccc(N)cc43)nc2)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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