Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
40771	CC(C)=C[C@@H](C(N)=O)N1C[C@H]2O[C@H]([C@H]3CC[C@H](O)CO3)C[C@@H]3c4nc(-c5ccccc5O)cn4C[C@H](C1=O)N23	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40772	C/C1=C(\O)C#C/C=C(/C(F)(F)F)C2=C=C(Cc3ccc(-c4cc(C)ccc4O)cn3)c3cc(N)ccc3N2CC1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40773	C/C1=C(O)/C=C\c2cccc(F)c2C2=C=C(Cc3ccc(-c4cc(C)ccc4O)cn3)c3cc(N)ccc3N2CC1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40774	Cc1ccc2c(c1)C1Cc3nc4c(ccc(C(=O)O)c4[nH]c3=O)CCCc3ccccc3C3=C(N1)N2CC3	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40775	CN(C)CCC1=C=C(F)C(F)=CN1C(O)Oc1cc(Oc2cccc(O)c2)cc2c1OCC(Oc1ccccc1)C2	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40776	COC(=O)c1ccc2c3nc(c(=O)[nH]c13)CC1NC3=C(CCN3c3ccc(O)cc31)c1ccc(C)cc1CCC2	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40777	Nc1ccc2c(c1)C(Cc1ccc(-c3ccccc3)cn1)=C=C(c1ccccc1)N2CCc1ccccc1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40778	CC(F)=C[C@H]1[C@H](C(=O)O)C=C2[C@H]3O[C@](O)(c4ccc(C)cc4)C[C@@H]4c5nc(-c6cncnc6O)cn5C[C@H](C(=O)N21)N34	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40779	NCC[C@H]1[C@@H](O)C(=CCn2ccccc2=O)O[C@H]2[C@H](N)[C@H](O)CN12	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40780	CCN1C(c2c(C)c(N)cc(F)c2F)=C=C(Cc2cc3c(cn2)C2=CC(C(=O)O)=CC2CC3)c2cc(N)ccc21	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40781	Cc1cc2c(cn1)C(=CCn1cccc(C)c1=O)O[C@H]1C[C@H](C)NCN21	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40782	CN=c1nc2n(c3nc4c(-c5ccccc5F)nccc4nc13)[C@H](C)C[C@H](C)C2	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40783	C1=CC=CC=1	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40784	C/C1=C(\O)CCc2cccc(F)c2C2=C=C(Cc3ccc(-c4cc(C)ccc4O)cn3)c3cc(N)ccc3N2CC1	Pocket2Mol	4Z2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
40785	Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3cc(F)ccc3cn1)=NC1=C3NC(C(=O)O)=CC=C3CCN12	Pocket2Mol	4Z2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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